行为生态学与分子生态学
导师组成员：李进华、孙丙华
招生专业：生态学、环境科学与工程
教研单元：生物多样性与湿地生态研究所、生态科学系
生物多样性与保护生态学
导师组成员：周立志、周忠泽、万霞、李春林、孟令曾、解绶启（中科院水生所）、许建（省生态办）、邓道贵（淮北师范大学）
招生专业：生态学、环境科学与工程、环境工程（专业学位）
教研单元：生物多样性与湿地生态研究所、生态科学系
态工程与恢复生态学
导师组成员：孙庆业、谢永宏（中科院亚热带农业生态所）
招生专业：生态学、环境科学与工程、环境工程（专业学位）
教研单元：环境科学研究所、环境科学与工程系
资源生物与种质资源保育
导师组成员：王鈺、赵密珍（江苏农科院）
招生专业：生态学、环境科学与工程、环境工程（专业学位）
教研单元：生物多样性与湿地生态研究所、生态科学系
水污染治理与环境地球化学
导师组成员：李玉成、吴涓、王宁、窦月芹
招生专业：生态学、环境科学与工程、环境工程（专业学位）
教研单元：环境科学研究所、环境科学与工程系
污染控制与废弃物资源化
导师组成员：石先阳、邓国志
招生专业：生态学、环境科学与工程、环境工程（专业学位）
教研单元：环境科学研究所、环境科学与工程系
矿山生态环境综合治理
导师组成员：程桦、袁亮（淮南矿业（集团）公司）、郑刘根、李元娜
招生专业：生态学、环境科学与工程、环境工程（专业学位）
教研单元：地质科学与工程系
资源、生态与环境信息化管理
导师组成员：吴艳兰、胡鹏、陈众、王杰
招生专业：生态学、环境科学与工程、环境工程（专业学位）
教研单元：地理信息与测绘工程系
